Шығыс Қазақстан облыстық ауруханасы облыстың емдеу алдын алу мекемелерінің ең алғашқы көне мекемесі болып келеді.
1889 жылды тарихтың есептеу нуктесі деп санауға болады, сол кезде Өскемен уезд қаласының базасында 10 төсекке қалалық ауруханасы ашылған. ХІХ ғасырдың аяғында қалада тек қана 1 дәрігер, 1 фельдшер және 1 кіндік шеше болған.
1920 жылы денсаулық сақтау жаңа жүйесінің қалыптастыруы басталды. 1921 жылы қалалық аурухананың штаты ұлғаюымен сәйкес 120 төсекке дейін кеңейді және безгек, сарып, трахома, жіті ішек жұқпасы, тері-жыныстық аурулары өршуімен байланысты жоспарлы күрес басталды
20 ғасырдың 30-шы жылдарында экономиканың дамуы мен нығайуы, халықтың жалпы мәдени деңгейі өсуі, медициналық қызметкерлерінің кең масштабты санитариялық-ағарту жұмысын жүргізу нәтижесінде жұқпалы аурулар аурушандығының пайызы төмендеді.
Ұлы Отан соғыс кезінде медицина қызметкерлері алдында тылдағы халықтың денсаулығын қорғау, науқастар мен жарақатталған жауынгерлерді емдеу, және оларды тез арада қатарға қайта жіберу міндеті тұрды. Осы жылдары батыс облыстардан недәуір жоғары мамандандырылған кадрлар келді, олар аурухананың медициналық қызметкерлерінің кәсіби деңгейін арттыруға зор ықпал етті.
1949 жылы қалалық аурухананы «Облыстық бірлескен ауруханасы» атауымен облыстық бюджетке ауыстыру туралы шешім бекітілді. Аурухана құрамына 135 төсектік стационарымен қатар 22 төсектік емхана да енгізілді. Емханаға, жедел көмек станциясына, қан құю станциясына, жасанды тістер шеберханасына және туберкулез пунктіне қабылдаулар енгізілді. Ауруханада зертхана, дәріхана, рентген кабинеті ашылды, патологоанатом-дәрігері, емдәм мейірбикесі, емдік денешынықтыру дәрігер лауазымдары енгізілді және физиотерапиялық ем жүргізілді, емханада жасөспірімдер кабинеті ашылды және медициналық статистика жұмысы ұйымдастырылды.
1966 жылы Облыстық бірлескен аурухана қазіргі орнындағы жаңа типті ғимаратқа ауыстырылды.
60-шы, 70-ші, 80-ші жылдардың аяғында мамандандырылған қызметтері дамуымен және бөлімшелері кеңеюімен сипатталды: жалпы хирургиялық бөлімшелері торакалдық, қантамырлық хирургия мен проктология бойынша салаларға мамандандыру алды. Стоматология бөлімшесінің базасында бет-жақсүйек операциялары жүргізілді және көз бөлімшесі кеңейтілді.
Облыстық аурухананың ұжымы барлық жылдары тек өзінің мекемесінде қана емес облыстың емдеу алдын алу мекемелерінде де диагностика және емдеудің жаңа әдістер енгізудін бастамашысы болды. 1975 жылы осында экстракорпоральдік әдістерін қолдана бастады. Соның ішінде гемодиализ, 1978 жылы – диагностиканың эндоскопиялық әдістері, ал 1979 жылы көзге микрохирургиялық операциялар жасалған.
80-ші жылдарының басында диагностикалық бөлімшелерінің дамуы қарқынды басталды. Жалпы қабылданған әдістерінің қатарында жүректі, құрсақ қуысының ағзаларын, кіші жамбасты ультрадыбыстық зерттеулері, асқазан-ішек жолдарын эндоскопиялық зерттеулері қолданылды. Клиникалық-диагностикалық зертханасында иммундық мәртебесіне зерттеудің бірінші әдістері қолдана басталды.
80-ші жылдардың аяғында және 90-шы жылдардың басында аурухана тағы да бірнеше рет қайта ұйымдастырылды. 1987 жылы Облыстық аурухананың балалар бөлімшесі жаңадан ашылған Облыстық балалар ауруханасына ауыстырылды.
1994 жыл - Облыстық бірлескен ауруханасының тарихында өзгерісті кезең болды, сол жылы аурухананы жаңадан ұйымдастырылған облыстық диагностикалық орталығымен біріктіру туралы шешім қабылданды және Облыстық медициналық бірлестігі құрылды. Бірлестіктің құрылғаны жалпы әкімшілік-шаруашылық құрылымдарын оңтайландыруға, күшті білікті кадрлық әлеуетін қазіргі уақыттағы диагностикалық жабдықпен қосуға мүмкіндік берді, емдеу және диагностикалық процесін замануи технологиялық деңгейіне жеткізді.
2011 жылы Облыстық медициналық бірлестігі «Шығыс Қазақстан облыстық ауруханасы» деп аталды. Облыстық аурухана құрамында 6 зертхана, 12 клиникалық және 7 параклиникалық бөлімшелер, оның ішінде аймақтағы жалғыз ғана торакальдық және қантамырлық хирургия, проктология, көз микрохирургиясы, ортопедия бөлімшелері.
2013 жылы бірегей Инсульт орталығы ашылды, онда пациенттерді ауру пайда болған кезінен бастап ағза функциялары толық қалпына келгенге дейін қадағалап қарау көзделеді.